Господарь Григорий Гика и митрополит Гавриил предоставили им уединенный в горах бедный Секульский монастырь во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи. Когда братия умножилась и преподобный Паисий стал просить о помощи в строительстве келлии, то ему было повелено переселиться с братией в богатейший Нямецкий монастырь, что он и исполнил в 1779 г., оставив часть братии в Секуле.
Житие в Нямецком монастыре преподобный Паисий устроил по образу Драгомирны и Секула — общежитие, умная молитва, переписка и чтение святоотеческих книг, ежедневное (утром и вечером) исповедание помыслов духовникам. Паства преподобного умножилась, были иноки более чем 10 национальностей и число их к 1790 г. возросло до 10 тыс. человек. В то время это была самая многолюдная обитель Восточной Православной Церкви. В 1790 г. преподобный Паисий был возведен в сан архимандрита, продолжая окормлять по-прежнему Секул и другие окрестные монастыри и скиты.
На протяжении всего времени старческих подвигов в молдавских монастырях авва Паисий учил братию умной молитве, продолжая единую линию отцов Добротолюбия, преподобного Григория Синаита, святителя Григория Паламы и преподобного Нила Сорского. Преподобный Паисий приводил многочисленные доказательства и свидетельства святоотеческого почитания умной молитвы: «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя», которая есть и моление, и исповедание веры. «Умно-сердечная молитва — для преуспевающих, для средних — пение, то есть обычные церковные песнопения, для новоначальных — послушание и труд», — поучал старец.
Многотрудная жизнь старца подходила к своему земному концу. Поболев перед кончиной, он с миром преставился в 1794 г., 15 ноября, пожив 72 года. Преподобный Паисий был погребен в Нямецком монастыре в соборном храме Вознесения Господня.
Его переводы с греческого на русский язык святоотеческих творений, долго бывшие единственными в русской литературе, читались повсюду. Так, им изданы: «Добротолюбие», сочинения преподобного Исаака Сирина, преподобного Феодора Студита, преподобного Варсонофия, святителя Григория Паламы, преподобного Максима Исповедника, «Восторгнутые класы» — сборник из творений святителя Иоанна Златоуста и многое другое. Преподобный Паисий является возродителем на Руси, после преподобного Сергия, школы старчества, которая на протяжении всего XIX века и позднее приносила свои благодатные плоды на ниве спасения чад церковных в Глинской и Оптиной пустынях и других монастырях Русской Церкви.